向井直也（榎木淳弥 配音）是一名性格异常认真的男子高中生，认真到有些可笑的地步。从小学1年级起，他就深深的喜欢上了自己的青梅竹马佐木咲（佐仓绫音 配音），并且以每月一次的频率向她告白，均以失败告终。一晃眼多年过去，直也和咲都升上了高中，终于，咲答应了直也的告白，成为了他的女友，真是可喜可贺。哪知道，就在两人刚刚顺利交往没多久，班上另一个名叫水濑渚（和气杏未 配音）的女孩也向直也告白了。认真的直也无法回避内心里涌起的莫名感情，于是，他向咲提出了一个离谱的提议——他想要在和咲以及水濑同时交往。更让人目瞪口呆的是，咲竟然答应了直也的这个提议。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
