十年前，苏家因巫蛊案满门蒙冤，长女苏昭雪侥幸逃生。为寻找失散的妹妹并查清真相，她女扮男装，闯入京城。因缘际会下，她与被卷入案中的御史方济联手，以钦差身份前往晋州探查。两人抽丝剥茧，发现地方官借巫蛊之名贩卖私盐的阴谋，更牵扯出苏家旧案的线索。随着调查深入，幕后黑手也就是当朝国师逐渐浮出水面，其阴谋直指皇权。苏昭雪与方济历经生死，最终在朝堂之上揭露惊天真相，为家族与无数冤魂昭雪，并携手归隐。
一家人到重庆旅游回来后，赵亚平为了赵奕欢的学习和生活举家从南京搬到了盐城，但是一大家子搬到盐城以后却出现了各种不适应。王晓娟的前夫贾有财不请自来，还把继子游小毛留在了家里。游小毛虽然调皮捣蛋，但他小发明也让人另眼相看，逐渐得到大家的认可。这时贾有财的债主找上门，游小毛带领小朋友们沉着应对，打败了债主，自己也终于和父母团圆了。
第三季也发生了各种各样的奇怪事件。科学犯罪对策团队能否用最先进的科学解开并解决这些“禁忌事件”？
1949年，第一野战军在大西北展开剿匪肃特斗争。解放军侦查连长王少强剿匪途中，遭遇西北军阀、匪首许殿亭之女许凌梅。四年前，王少强曾从日寇手中救出许凌梅，许凌梅对他一见钟情，并进入八路军卫生学校学习，两日后却被她父亲偷偷绑走，两人因此产生巨大误会。经过激烈碰撞和逐步澄清，两人慢慢消除了仇恨。王少强冒充匪特联络员打入许殿亭的豹头山，引导、教育许凌梅为我党工作，打探事关剿匪大局的许殿亭秘藏武器，破坏土匪行动，挑拨土匪内讧，给许殿亭、刘栓子等匪首以沉重打击；许凌梅也由任性、莽撞逐渐变得成熟。昔日“西北王”何步升卷土重来，许凌梅寻机打入何步升内部，与王少强内外配合，掌握了敌方信息。在解放军剿匪指挥部的统一指挥下，王少强和战友们将何步升等土匪武装剿灭殆尽。
张雷是公安烈士的遗孤，他的父亲当年也是一名刑警，在一次行动中英勇牺牲，他的母亲也因悲痛过度，不久重病去世。年幼的张雷被父亲的老战友抚养长大，并把他培养成为一名公安民警。在前往自己妹妹周芸和自己好战友周同订婚宴的路途中，发生了出人意料的枪战，准妹夫周同不幸牺牲。滨海市公安局立即成立了专案组调查此事，张雷被任命为专案组副组长，与老资格的刑警陆延平搭档。层层迷雾摆在眼前，案情由此展开……
