春日新（松冈祯丞 配音）是一名平凡的少年，某日，一场意外让他和堂妹春日圣（诹访彩花 配音）一同被卷入了通往异世界的漩涡之中，在混乱中，新和圣失散了。为了找到圣，两人一同回到原来的世界中去，新追寻着种种线索进入了王立书册学院成为了那里的一名转校生。
天启元年，机关盛行，新旧党派，争权谋乱。齐南府秀才沈问，擅木工机巧之术，某日在路上无意间卷入一起皇宫秘宝失窃案，由此结识了锦衣卫总旗沐思卿。沈问发现锦衣卫寻找的秘宝竟然是当年导致他满门被灭的六合兽图，六合兽图内有皇朝隐秘，为了寻找灭门仇人以及解开六合兽图的秘密，沈问决定暗中布局混入北镇抚司寻找当年真相。
电闪雷鸣间，林藏锋穿越至以武为尊的神州世界，成为神剑宗仅剩的关门弟子。师父为夺天材地宝惨死于铁剑门之手，他立下振兴宗门、报仇护妹的血誓，却面临三日后宗门被屠的绝境。危急时刻，灭天系统激活，升级宗门资源、赠予混沌道体与霸王之体两大无上资质，更赐不朽功法乾坤神诀与天机术。系统布下无敌大阵，抓来气运金龙，助他一步登天。他接连收下气运之子高兰陵、叶北玄，更折服上古剑仙轩辕倾天，携仙器、掌仙脉，以无敌之姿，誓要将神剑宗扬名神州洪荒。
