和电影不同，《魁拔妖侠传》将承担完整讲述主角们“前世今生”的任务，并将魁拔史诗宏达的世界观全面展开。在电影中，蛮小满、蛮吉、卡拉肖克潘、阿离公主各自展现了魅力，但未来得及把全部的谜底揭开——而这些“藏起来”的故事和历史，将在《魁拔妖侠传》中一一展开。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
三万年前，太虚帝尊林无尘威震仙界，渡劫遭灭世雷劫假死脱身，隐于雪州过着平凡生活。天命圣榜现世，其榜首身份曝光惊动三界。转世大帝苏瑶偶遇于他，灵气复苏之际，其金翅天鹏血脉秘密揭晓。他解救被困神女之子，横扫万妖，强势开启远古大世。
三位超能小女警拥有无与伦比的超级力量，她们在睡前打击犯罪，用自己的“女孩力量”守护家园和身边的小镇居民们。
环境恶化导致了自然灾变，原有的世界秩序陷入混乱。贺将年少时便跟随父亲贺长风在新萨科城开卡车谋生，东邦流民在优人恐怖组织的压迫下艰难生存，忍无可忍之下，她决定带领乔七、刘战等东邦人兄弟一起奋力反抗。
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
新的篇章开始了。血剑冒险的下一阶段是恶魔居住的红灯区。
在日本，一股让一切生锈的“生锈之风”正在肆虐。
