《幕后真凶》是一部以缉毒警察为题材的案件悬疑剧，剧情跨越了20多年，讲述了两代缉毒警察的故事。三十多年前，在松江土地上发生了一起生物制剂非法出境案，随着此案的发生，缉毒刑警计春生失踪，卧底警察楚江河生死不明，而作为案件核心的CH型生物试剂不翼而飞，此案成了一桩悬案。而就在二十多年后的现在，当年的缉毒支队成员高平率领着楚江河的儿子楚白以及一众干警势要查清当年的真相，化工广场大爆炸、四名被绑架的孩子、同一时间互相杀人的死者、摩天轮焚尸等一系列奇案的发生让真相逐渐浮出水面，但随着接近真相，一直藏在暗中的那双手使这桩跨越二十余年的大案更加扑朔迷离起来，随着刑警米乐儿的失踪，众人这才意识到，藏在黑暗背后的那双手，竟然是“他”！最终，这个尘封20年的大案终于侦破，而背后的真正元凶却是谁也未曾猜想到的。可无论如何，楚白完成了自己的梦想，为当年卧底的父亲正名，让父亲住进了烈士陵园，而自己，最终继承了父亲的警号。
上世纪60年代，国家启动“三线建设”，109冶奉命进驻荒凉的“金江”，要在不毛之地建起一座年产300万吨级的川南钢铁厂。天才工程师夏方舟（林江国 饰）在老师霍茂森（陈逸恒 饰）的启发下，几经波折来到川南钢铁，与三年前有过惊鸿一面的秦晓丹（孙宁 饰）重逢。他们在领导赵殿楚（郝平）的指导，陈国民师傅（朱宏嘉 饰）的带领下，与季成钢（李帅 饰）、武本奇（蔡家明 饰）、李心梅（韩与诺 饰）等青年建设者们，从零开始将弄弄坪建设成为新兴工业城市。中年时代，他们在经历了金江市109冶金建设公司等企业由盛转衰的生存阵痛后，作为老一辈三线建设者，引领青年一代积极顺应国家发展，创新升级新工业体系，抢滩钒钛技术与高铁重轨，带领企业踏上新的征程。
金月（陶昕然 饰）因照顾残疾小叔子天磊（李琦 饰），和养母宝乐婶（李菁菁 饰）产生了严重冲突。天磊目睹母女俩因自己的事感情不和，不忍连累嫂子，服农药自杀，后被金月发现送医院抢救过来。此事对宝乐婶心灵产生巨大冲击，她悔不该和女儿为此事发生争执。光棍吴老大（董连海 饰）喜欢宝乐婶多年，更希望儿子海洋（刘伯勋 饰）能娶到宝乐婶的小女儿金花（赵紫含 饰），将来留在城里生活。不料儿子在城里工作的公司倒闭，他决意返乡创业。金花与海洋小时订过娃娃亲，这次回来结婚本属天经地义，但金花发现海洋的心思竟然在姐姐金月身上，她怒火中烧，至使姐妹生怨.....
