沧南危机解决后，林七夜完成津南山为期一年的守夜人集训考核，成为了正式的守夜人后，重回136小队，与伙伴再度开启一场与古神教会的崭新较量……新的西方邪神亮相，人类天花板齐聚沧南，一场巨大的灾难风暴正悄然酝酿成型
故事从一名高中生叙述而开始，五岛桐绘和她的男朋友斋藤秀一以及住在这个受诅咒的黑涡镇的人们，面对着一连串围绕在漩涡相关的诅咒和超自然事件当中，而这座小镇的秩序也即将失控。
罗征原本是罗家的少家主，家族内乱，父亲被害，迷茫之际，意外获得一门炼体神功“太上炼器法”，将自己炼成了一件兵器，此后，竟然依靠“挨打”逆袭改命，从一个小小的家奴一步步成长为万众瞩目的绝世天才。然而，就在他最辉煌之时，却忽然发现自己的人生就像一个剧本，每一步都似乎被某种神秘力量精心安排好了一样……他能否看破自己的命运之谜？书写属于自己的成神之路呢？
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四谷友助（上村祐翔 配音）是一名中学三年级的男生，在班上友助属于默默无闻的那类学生，他既不喜欢结交朋友，在课业上也平平无奇，总是独来独往。一天放学后，友助在意外中穿越到了异世界，让友助震惊的是，他在这里竟然遇见了同班同学新堂衣宇（久保田梨沙 配音）和箱崎红末（和气杏未 配音），她们一个是班级里人气极高的美少女，另一个则体弱多病，总是在病假中。然而，在这个世界里，他们三人是并肩作战的伙伴。
在宝岛的激战结束后，千空等人平安回到了科学王国。他们用得到的石化装置，成功复活了陷入冷冻睡眠的司，司成为了科学王国的同伴！ 而在确定将人类石化的幕后黑手“怀曼”就在月球的千空等人，准备奔向月球！在这个石纪元，提出了从零制造宇宙飞船的宏伟工程。为了从全世界收集飞船的材料，千空等人迅速乘上珀耳修斯号驶向大海。要制造复活液，他们需要大量的玉米，于是第一个目的地就被设为了美洲大陆。而在结束了考验勇气、团结以及科学力量的大航海后，等待着的，是能动摇他们的威胁—— 千空等人的冒险，终于开始迈向世界，甚至迈向太空。为了拯救人类的未来，千空和同伴们一起，全力开拓科学的道路！
SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。
秋之回忆 3.5 ～超越回忆～ Vol.1（2004 年 5 月 12 日发售） 秋之回忆 3.5 ～超越回忆～ Vol.2（2004 年 6 月 23 日发售）
