夜半深眠，诡异梦境频频降临，失踪多年的爷爷屡屡托梦，语气焦灼又无奈。阴间战乱四起，各方势力纷争不断，爷爷身居阴界高位，却粮草匮乏、物资紧缺，连征战的底气都日渐不足，日日念叨囊中羞涩，急需阳间供奉接济。没人知晓，看似普通的少年，祖上竟是执掌幽冥的霸主。为帮爷爷稳住阴界战局，守护阳间家人安稳，少年自此打通阴阳通路，以香火为援，助爷爷横扫阴域、平定纷争。当尘封的阴世权柄觉醒，这位蛰伏已久的冥界强者，终将称霸幽界，护佑后辈一路所向披靡。
炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵 配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。
为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。
