姜芊芊发现，自己卧室的一面墙，竟然连着一间密室，里面锁着一个伤痕累累却俊美非凡的魔尊。为了救他脱困，她一次次踏入密室，却发现这个危险又温柔的男人，竟已暗恋她千年。她以为这就是全部真相，却不知，千年前为了救她，他几乎耗尽神魂。如今，他的真身无法离开，神识化身却陪她走进现代世界，度过一个个心动的夜晚。原来，这场跨越千年的相遇，不是她误闯了他的世界，而是他等了她千年，也用他漫长的生命，爱了她千年。
故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。
“你能，和我组一辈子乐队吗？”高一的春末。羽丘女子学园里的学生基本上都组好了乐队，推迟入学的爱音也在为了能尽快融入班级而急忙寻找乐队成员。在这时候，知道「羽丘的小怪人」灯还没组乐队之后，爱音不由自主地向她搭话……遍体鳞伤且蓬头垢面的，我们的“音乐（呐喊）”。不畏迷茫，纵使迷茫亦要前行。
