冰冷与黑暗并存的宇宙深处，九具庞大的龙尸拉着一口青铜古棺，亘古长存。这是太空探测器在枯寂的宇宙中捕捉到的一幅极其震撼的画面。九龙拉棺，究竟是回到了上古，还是来到了星空的彼岸？一个浩大的仙侠世界，光怪陆离，神秘无尽。热血似火山沸腾，激情若瀚海汹涌，欲望如深渊无止境……登天路，踏歌行。
忍者神龟回来了！这次是以电视剧的形式。当神龟们被人类接纳，一边上高中一边继续他们的超级英雄生涯时，他们面临着同时兼顾两件事的巨大压力。除了1987年电视剧中的经典反派施莱德之外，神龟们还要与他展开战斗。
主人公逸徇受父命前往上石郡，意欲收复政权，铲除清理当地掌权机关“玄天司”首领——葛覃。不料方到上石郡逸徇却倍受到冷遇，葛覃尽显地头蛇风范，逸徇第一战出师不利。恰逢此时少女十一月前来行刺葛覃。逸徇顺势借此事件还以玄天司众部颜色，宣告自己的主权。但十一月行刺未果遇险，逸徇好意救下十一月，不料却反被十一月绑至小树林。二人暗中交谈，逸徇从十一月口中了解到古族的往事，意识到可以利用古族之力与玄天司对抗，于是替十一月解毒，打算招募她为自己所用。不料玄天司黍离带领追兵包围小树林，二人陷入险境，葛覃也于此时现身。葛覃强行要带走十一月，不惜与逸徇爆发冲突，两伙人在树林大战。战斗中逸徇无意间触发自己古族的血脉，复刻了十一月的图腾，并且借助其灵力，带领重伤的十一月一起脱逃。
舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音的超科学现象的科学杂志。工作人员只有帅哥主编兼编辑的塔罗·J·铃木。再加上小学生助手吉罗·田中和狗狗三郎。编辑部一直是空的，塔罗、吉罗和三郎都沉浸在同一栋大楼1F的咖啡馆《岩石（ROCK）》中。有一天，科学家戈洛·佐藤前来咨询，由此开始了一个异想天开的故事……。
续集从第二季第14集开始。故事发生在名为“风祭”的都市之中，天王寺瑚太朗（森田成一 配音）是一名平凡的高中生，过着风平浪静的生活。一年一度的收获祭即将到来，这个热闹欢快的祭典让整个城市都陷入了欢乐而躁动的海洋之中。
