在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，
本作动画改编自起点白金作者辰东遮天三部曲的第二部——完美世界。他为修道而生，为应劫而至，他身化亿万血雨，洒落万古岁月，经历无数时空的熬炼，岁月长河的洗礼，他化万古，他化自在。看男主石昊如何一生极致辉煌，造就无尽传说。
事情起源于二十年前。大地隆起，日本的神奈川县在分离之后就被孤立。以后在神奈川出生的少数人就懂得运用阿尔达超能力。阿尔达超能力（Alter）是一种能够将物质分解再构成的力量……数马和刘鳯是对立的，因为所属的地方不同。数马是一个为了钱而生活的人，以自己的超能力来为自己获得金钱，从而满足自己的生活。刘鳯是一个为了找寻阿尔达结晶体，为自己的妈妈报仇而加入圣堂/神圣部队（HOLY）的人。圣堂是由阿尔达超能力者组成的警察部队，为了保护没有超能力者、制止超能力犯罪而设立，所以圣堂的人会捕捉周围土生的超能力者。该日数马和刘鳯的相见就是因为圣堂的一次行动而促成…………
神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。
故事的发生背景在未来世界的香港，一个被摩根博士制造的双胞胎实验体姐妹伊莱恩（Elaine）和戴安娜（Diana）因为一些原因而有时候变得非常的弑杀，当两个人的思想融合时，超生命形式“Genocyber”诞生了。 现在，Genocyber 与人类之间长达半个世纪的战斗开始了。
为了培养下一任皇妃，从五大名门中召集了公主们聚集的宫殿——『雏宫』。 名门之一的黄家之女，美丽聪慧的玲琳，作为“殿下的蝴蝶”备受众人喜爱。 然而在乞巧节的夜晚，她与被称为恶女、遭人厌恶的朱家之女慧月，被对方互换了身体。 当她意识到时，已被宣告即将执行处刑，陷入绝境。 但自幼体弱多病、一直与死亡为邻的她，反而为获得了健康的身体而感到欣喜—— 看似悲剧的互换，拥有钢铁般意志的玲琳，即便被放逐到破屋，也尽情享受自由，对于那些企图取她性命的人，她用天生的开朗与温柔感化他们，一次次跨越逆境。 另一方面，原本嫉妒憎恨玲琳的慧月，在接触到玲琳真实的人品后，内心也开始动摇—— 在彗星闪耀的夜晚互换了身体的两人。 从那天起，她们的命运发生了巨大的转变，最终被卷入动摇后宫的阴谋之中。 性格截然相反的少女们上演的后宫“互换”逆袭剧，盛大开幕！
