十万年沧海桑田，原本只有10层的《魔皇经》却被萧霆意外修炼到了99999层……出关日，萧霆意外获得了“魔皇养成系统”，可是……当这位卑微的小系统，看到已经满级的萧霆，不禁发出了悲天悯人的感慨：童话里都是骗人的！说好新人系统油水大呢？新人系统可以作威作福无所畏惧呢？ 萧霆看着满头是包的系统小可爱：听说你们系统，都很喜欢指挥宿主？ 卑微系统：……QAQ
30年前，未知的“侵略性外来生物”突然出现，世界曾一度濒临毁灭。人类与这些被称为“侵略种”的生物相互争夺生存空间。虽然目前人类的安全勉强得到了保障，但世界随时可能走向终结。人们在恐惧死亡与毁灭的同时，只能对危险和灾难视而不见，麻木地过着日常生活。在这样的世界里，联合国危险生物调查机构“EXCEEDS”为了抵御“侵略种”带来的危机与灾害，开始了行动。故事的开端位于远东的岛国“瑞穗”。一位在离岛上生活、以驱除“侵略种”为业的猎人少女——久濑椎名。她唯一的愿望就是与家中唯一的亲人妹妹刹那平静地生活下去。然而，降临在椎名身上的事件究竟是——？
危险的海啸将所有的鱼都冲到了树上，这对箭毒蛙来说也是一个大问题，因为树上没有足够的水坑供蝌蚪生存。幸运的是，Tweak 的新款 Gup-H 随时准备提供帮助。
平凡的打工人裴谦意外绑定财富转换系统，给了他花钱经商，重来人生的好机会。然而系统规定盈利一百才挣一块，亏钱却能全落自己腰包。为了亏钱，裴谦选择了风险高，烧钱快的游戏行业，故意制作了一款款违背市场规律的“另类”游戏，却一次次意外走红，挣得盆满钵满，痛苦地成为了众人眼中崇拜的“商业奇才”，可只有裴谦心理清楚，我真的只想亏钱啊...
算命为生的梁夕因一时善心救下仙人宇文青阳，被仙人传授万年真力和翻天印，从此踏上了修真之路。在宇文青阳的指示下，梁夕前往天灵门拜师学艺。而路途中，梁夕遇到了莫名亲切而一起同行的小白狐。以天灵门作为修行起点的梁夕结识了朋友与师尊，又阴差阳错从妖兽身上获得了神秘兵器坎水刃。坎水刃乃是云麓仙居开山祖师的法宝武器，他们要求梁夕归还，但如果梁夕能让龙息淬炼坎水刃的话他们就不予追究，否则就要天灵门付出代价。看出云麓仙居是借故找茬的梁夕决心前往东海寻找龙族，却因为意外吸入龙族血液，成为了天地间第一位龙族外戚。在向龙神说明情况之后，梁夕达成了龙神提出的要求，成功让坎水刃被龙息淬炼，也救回了师门。云麓仙居的出现不过是插曲，正值天灵门掌教青木道人突破金仙出关时，天灵门上空突然出现了空间裂缝，从中出现的双头老祖带着人面蜘蛛大举进攻，一度将梁夕掳到了人界之外，生命危机之时...
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
