基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
身为人类海昕和夏凡，因为一次偶然的机会，得到了梦寐以求的魔法能量，并在魔仙希雅的同意下，成了小魔仙，和希雅一起守护人类世界和魔法海洋，她们在帮助希雅调查污染魔法海洋的海兽时，结实了海萤堡的海达王子及其他魔仙，众人在寻求真相路上遇到了很多困难，但大家团结一致，共同努力，一起渡过难关，随着调查的深入，真相一点一点浮出了水面，他们找到了被称为深点的海兽巢穴，在进入深点调查后，他们发现海兽竟然跟海萤堡失踪的国王和宝贝千年之星有着密切的关系，而整个海洋也面临被黑气污染的重大危机，为了拯救魔法海洋，魔仙们努力寻找消灭黑气的办法，最后海昕成功将千年之星净化，最后成功千年之星的能量净化了整个魔法海洋，不仅如此，海昕她们还找到了黑气的源头，顺利将其铲除，使人类世界恢复了安宁。
喜欢珠宝配饰的女高中生·瑠璃，想要买水晶项链却受限于妈妈的经济制裁，于是突发奇想到以前常采野菜的山中寻找水晶，还真的发现了原生的水晶矿石·!!神秘又惊叹连连的矿物收藏世界，无论是山脉、河流、洞穴，哪里有宝藏就往哪里去!
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