在Zi行星有一群被称为机兽的金属生物体，有些拥有惊人战斗力，但它们必需得到由特别发电机产生的红色凝胶才可运作。该行星在古代曾经存在超高科技文明，却发生了一场被称为“众神之怒”的大灾难，当时有一部份人类...
二十年前，世界各地突然出现了为数众多的“灵墟大门”，从中喷涌而出的灵气会让接触到的人觉醒异能。这些觉醒了异能的人，被称之为“灵武者”。与这其中，“空间系”灵武者因为在“兽潮劫难”的突出表现以及其觉醒人数的稀少，成为了最强的代名词。江南在灵州江城的孤儿院长大，从小立志成为最顶级的灵武者，十六岁的他觉醒了最强且最稀有的空间系异能，成为灵洲第二个空间系异能者。本作品的故事就从这里开始……
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
[TV动画] 明日方舟 [RISE FROM EMBER] 制作确认！博士，很高兴再次见到你。
