大战过后，森林一派祥和，舒克贝塔航空公司又恢复了正常运转。谁也没想到平静的生活会被一桩不起眼的盗窃案打破-舒克贝塔从一伙蒙面鼠窃贼手中截获了半张神秘的藏宝图，而图中的坐标指向当年舒克流放海盗的小岛。
当冰冷的子弹穿透胸膛，卧底警察最后看到的，是组织首领那张带着嘲讽的脸 —— 他潜伏三年，却因身份暴露，最终死在亲手收集的证据被毁的前一刻。带着未能将犯罪集团连根拔起的遗憾，陆沉闭上了眼睛，可再次睁眼时，刺眼的阳光与熟悉的出租屋让他猛然惊醒：他竟重生回到了三年前，正是自己刚接受卧底任务，准备潜入 “暗鸦” 组织的那一天。
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栗原雪（加隈亚衣 配音）是一名高中二年级的女生。个性温和而又安静的她甚至有些傻气，但深得朋友们的喜爱，对待生活和学习认真刻苦的她虽然常常会惹出小小的麻烦，但这反而增加了她的可爱度，显得是如此的楚楚动人。桃月心也（冈本信彦 配音）是比栗原雪小一岁的高中一年级男生，虽然个头比同龄人小巧，但心也展现出的却是超越了同龄人的包容和稳重。命运让这样的两个人相遇了，栗原雪一下子就喜欢上了心也，终于，她鼓起勇气告白了，同样心动的心也接受了栗原雪的心意，两人就此开始交往，充满了甜蜜和羞涩的恋爱喜剧就此正式上演。
在进行机甲武斗大会的冠军战时，布莱札德突然来袭，十年前他们也曾侵袭而来，但不知为何他们这次就很干脆地撤退了。然后这样过了好几个月的某日，在创世纪特区的里昂一行人正要接受训练时，天空突然出现异常现象，竟然出现了镜像世界的里昂他们，这到底是怎么一回事呢？
