佩奇（海莉·博德 Harley Bird 配音）是一只可爱的粉红色小猪，她有一个名叫乔治（Oliver May 配音）的弟弟，乔治不喜欢吃蔬菜，最喜欢的东西是巧克力蛋糕和恐龙。猪爸爸（理查德莱丁斯 Richard Ridings 配音）有着一个胖胖的大肚子，在一家绘图公司上班，他的上司兔先生（布耐恩·布莱塞得 Brian Blessed 饰）的女儿和佩奇同在一间幼儿园上学。
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一次可怕的灾难席卷了整个世界，5年后，世界从一片废墟的状态之中渐渐恢复了，一切文化和科技都在逐渐缓慢复兴，其中就包括使用了3D全息影像技术，利用“戏剧幻真系统”进行舞台演绎的演剧。这种新兴的表演形式吸引了一批想要登上舞台的少女们。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
