宇宙世纪0153年，这个时候地球联邦已经名存实亡，统治衰颓腐朽，宇宙殖民地纷纷脱离控制，地球圈成为诸多军阀逐鹿的场所；建立于Side 2的新兴国家赞斯卡尔帝国开始对地球的侵略，联邦军根本无法阻挡，只有民间军事组织“神圣军事同盟”还在坚持抵抗。出于一个完全偶然的机会，少年胡索·艾文成为神圣军事同盟的驾驶员，被赋予了最新锐的机体，V高达……
在一个科技发达、生活便利、和谐美好的小镇上，诞生了世界上第一台人工智能校巴——百变校巴。百变校巴守护着阳光森林幼儿园的小朋友们，在小朋友们心中，百变校巴温和耐心、充满智慧，就像一个无所不能的大哥哥，陪伴他们成长。
在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
向井直也（榎木淳弥 配音）是一名性格异常认真的男子高中生，认真到有些可笑的地步。从小学1年级起，他就深深的喜欢上了自己的青梅竹马佐木咲（佐仓绫音 配音），并且以每月一次的频率向她告白，均以失败告终。一晃眼多年过去，直也和咲都升上了高中，终于，咲答应了直也的告白，成为了他的女友，真是可喜可贺。哪知道，就在两人刚刚顺利交往没多久，班上另一个名叫水濑渚（和气杏未 配音）的女孩也向直也告白了。认真的直也无法回避内心里涌起的莫名感情，于是，他向咲提出了一个离谱的提议——他想要在和咲以及水濑同时交往。更让人目瞪口呆的是，咲竟然答应了直也的这个提议。
