名侦探柯南真人版再次复活！不过这次上场的是变身为柯南前三个月的工藤新一的故事。爱好推理的高中生工藤新一（沟端淳平 饰）和其青梅竹马毛利兰（忽那汐里 饰）一直过着紧张又不失甜蜜的生活。这天，新一却收到了疑似来自他的粉丝的挑战书，这个挑战书的背后是多个案件组成的连环推理，一环套一环，如同闯关游戏。新一、小兰、小兰的爸爸毛利小五郎（阵内孝则 饰）在一个密闭的房间里苏醒，等待他们的将是乌云密布的案件和处处有危机的现场。新一能否攻克重重障碍，最终走到答案揭晓的时刻呢？
1941年秋，大批日战机猛烈轰炸成都。百年老字号锦江春的少掌柜杨少诚亲眼目睹驻防司令叶怀忠的吉普车发生大爆炸。叶司令当场炸死，副官凌辉浑身是血受了重伤。少诚送他去了医院。军统站副站长陈剑锋赶到未来岳父叶司令的被炸现场，吃惊的发现吉普车底下隐藏了一枚德国产的定时炸弹残骸，他立刻意识到，这是一起谋杀。医院里凌副官看到行动队长许尔根带人闯了进来，偷偷将一个美式烟盒放到了少诚的口袋里。许尔根将少诚和凌辉带回军统站审讯。叶司令的女儿叶眉在军统站做机要员，她得知少诚救了共党潜伏在司令部的特工凌辉，持枪闯进审讯室，要枪毙少诚，被陈剑锋劝住。
这一季中，主修心理学的大学教授Eli（杰米·肯尼迪 Jamie Kennedy 饰）在遭遇一次火灾意外死后复生，竟然成为了能听见亡魂说话的倾听者。在话唠加神经质的Rick去了远方以后，他就成了Melinda（詹妮弗·洛芙·休伊特 Jennifer Love Hewitt 饰）的新助手，一直协助她完成逝者身前的遗愿。Melinda和丈夫Jim（大卫·康拉德 David Conrad 饰）一直努力想生个宝宝，但始终未能如愿。一次在Melinda帮助鬼魂时发生了意外，为救妻子Jim中枪身亡，也变成了游荡的鬼魂。在一次交通事故现场，Jim附身在一个刚死去的人Sam身上复活了，但却失去自己的记忆。
故事讲述了“千年将军”陆炎（任嘉伦 饰）和“仗义女寨主”于登登（李沁 饰）之间令人啼笑皆非的爱情故事。剧中有着神秘力量的陆炎阴差阳错结识了青泉寨大当家于登登，这段有着千年因缘的爱情由此展开。
