影片故事围绕三年级的小学生马小跳展开。马小跳可是个不寻常的孩子，他一生下来就会跳！在他的抓周仪式上，脾气火爆的马小跳更是一“跳”冲天，令所有人大吃一惊。三年级的马小跳身边总是围绕着伶牙俐齿的“猿猴”毛超、贪吃爱睡的“企鹅”唐飞和力大无穷的“河马”张达这几个死党，当然还有无条件超级崇拜马小跳的安琪儿。
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
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