ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。
苍云界，仙魔两道相争不断。 徐长青出身青莲剑谷，一心想当剑仙，好景不长，苍月宫第九魔将入侵青莲剑谷，徐长青爷爷牺牲，徐长青获得“青莲帝剑”的认可，与第九魔将对抗不敌。后昆仑太白剑仙秋无涯赶到，击退魔门，将徐长青和牧紫熏带至昆仑。昆仑众真人想夺青莲帝剑，被秋无涯呵止。徐长青觉醒了自己的仙灵“混沌聚灵碑”，被秋无涯收作弟子。在仙剑大比中，徐长青击败夏青候夺得头冠，获得进入昆仑禁地的资格，为了找到能够复活爷爷的不老神泉，徐长青选择踏入凶险的昆仑禁地。
少年倚剑独行，荡平天下不公！
故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。
一次可怕的灾难席卷了整个世界，5年后，世界从一片废墟的状态之中渐渐恢复了，一切文化和科技都在逐渐缓慢复兴，其中就包括使用了3D全息影像技术，利用“戏剧幻真系统”进行舞台演绎的演剧。这种新兴的表演形式吸引了一批想要登上舞台的少女们。
克莱门汀，前祖拉农十二弟子之一，前漆黑圣典第九席克莱门汀。 虽然对自己的实力有着绝对的自信，但为了躲避某个魔法吟唱者，她却过着逃亡的生活。另一方面，在纳萨力克，他们在安兹的命令下开始收集武道的情报……
