圣林大学附属医院消化外科新人水野明日美（上野树里 饰）不苟言笑，沉稳冷峻，毫无表情地注视着磐台教授（岩城滉一 饰）和有马教授（国村隼 饰）两大势力的明争暗斗。此时她正暗中进行一项周密的复仇计划。15年前，作为医生的父亲死在手术台上，原本并不致命的病症全因磐台教授麾下那名美女外科医生伊达理沙（藤原纪香 饰）争强好胜导致不可挽回的悲剧，而父亲死后更蒙受了不白之冤。许多年来明日美卧薪尝胆，改换名字进入这所酿成她家庭悲剧的腐朽医院，并迅速完成了对护士长蛭子雅人（六平直政 饰）、伊达的复仇。
苏州顾家子弟顾易中（曾舜晞 饰）从宾夕法尼亚大学建筑系学成回国，抗战爆发后，在一次协助地下党女友的营救行动失败后，苏州地下组织联络点也全部暴露。顾易中因日伪故意栽赃陷害被误认为是党内叛徒，在无法自证清白的情况下，他主动潜入日伪，几经周折后终于成为我党在苏州特工站中的一名潜伏人员。顾易中面顶着巨大压力，与苏州特工站站长周知非（张颂文 饰）和日军顾问近藤利男斗智斗勇，乘机找出了党内真正的叛徒“黑八”并将其除去。顾易中持续不断地为我党秘密搜集情报，多次救党内同志于危难之中，为我党苏州地下组织的抗日救国运动提供了巨大支持和帮助。他以坚定不移的信仰奋勇向前，在斗争中不断成长。
停职后的方见涛不甘寂寞，暗中到副市长张清的支持，同时迫使屈辚与之合作，将手中的烂尾楼成功脱手，并获得高速公路项目的开发权，以此套取大量贷款。屈辚升任国税局长，位尊权重，在洋洋得意的同时也在腐败的漩涡中越陷越深。何盈秋眼见屈辚走向毁灭，而自己却无能为力，悲伤中选择了逃避，远走异国。面对方见涛的穷追不舍，吴唤云倍感压力。为了解除威胁，他对方见涛频施暗算，阴谋层出不穷，使方见涛和江盛灵的调查工作屡屡磁带却已被清洗。为了引出幕后黑手，方见涛扣下证据没有上交，顶着挨处分的危险，以索贿的名义与远拓高层联系。由于检察院内部走漏消息，吴唤云没有中计，他却因此被江盛灵误解。屈辚发现吴唤云在利用自己，面上不露声色，暗中却对远拓的各项计划进行阻挠。进入高层后，他渐渐变得飞扬跋扈，对金钱腐蚀的抵御能力也越来越弱。何盈秋不能接受他的转变，两人勉强结合，婚后经常发生争执。方见涛以真诚重新赢得屈辚的信任，两人言归于好。在交往中，方见涛发现屈辚正在滑入腐败深渊，多次进行劝导，但收效甚微。吴唤云玩弄手段，得受挫。在逆境中，方见涛与江盛灵凭着执着的信念，一点点拔开迷雾。对手的诡计和陷阱、朋友的责问和利诱、家人的伤痕和泪水，这些都不能使他们退缩，为了维护国家的利益，他们坚定的与罪恶直面对决，使幕后黑手彻底暴露在阳光之下。
东海市，黑帮之间为争抢地盘和毒品配方，制造了数起命案。刚被调到家乡东海市的警探雷投入一个枪杀案侦破中，与他同事的是他以前的恋人，刑警队骨干沈婷。沈婷现在已是东海市知名企业家吕天卓的女友。不断升级的暴力和隐匿的制毒贩毒活动令警方感到巨大压力，沈婷更是在一次调查行动中，被黑帮追杀跳海。为找到失踪的沈婷，吕天卓亮出黑社会底牌，与另一黑帮头目陈雄直接对峙。陈雄始知与他作对的幕后人物，双方明里暗中数次交锋，各有伤亡，吕棋高一招，陈实力不济，躲到公海，在一次潜回东海市时，被吕围困击杀。雷在与职业杀手朱丽的接触过程中，发现了她是吕安在陈身边的棋子，雷方知沈婷身处险境，他决定展开捕吕行动，而此时的吕势力更是今非昔比。
该剧环绕着争夺一份名为《蓝石榴》的小说遗稿的种种，将波澜起伏、摄人心魄的故事铺展开来。细致剖析社会各色人等心态，错落变换多个时空，再现了20世纪90年代初北京城乡多个层面的社会风情与生活脉息，描绘出了一系列文化界与市井百姓斑斓多姿的人生图景，予人许多深切联想和启示。
