擎天柱派热浪、追踪、刀锋、巨石到狮鹫岛，让他们分别伪装成消防车、警车、直升机和推土机，帮助狮鹫岛的人民度过一个又一个难关。这个秘密起先只有查理伯恩斯警长知道，但是机灵的柯迪伯恩斯很快就发现了这个秘密，之后凯德伯恩斯、格雷伯恩斯和达妮伯恩斯也相继知道了援救汽车人的存在。但是为了不引起狮鹫岛人民的恐慌，他们一家以人类与机器人两两组合的 形式隐瞒了这个惊天的秘密。之后，援救汽车人和伯恩斯一家从互相排斥，到通力合作，守护狮鹫岛人民。其中，由于援救汽车人的自我意识，引起了许多啼笑皆非的有趣故事。
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
第二季承接第一季结尾剧情，男主角楚明在于琳琳婚礼上战胜江州最大的对手王家之后，在三个师姐和其他其他几大家族的帮助下终于达成了自己开宗立派的目标，实现了为七圣宗开枝散叶的第一步。为了给双目失明的五师姐兰馨儿祛除诅咒，楚明决定和众人一起找寻修行炼器一途的四师姐，取得宝鼎炼制解药。然而在目的地渝州，一个沉寂已久的邪修势力——巫死门正等待着他们，而巫死门正是害兰馨儿眼盲的罪魁祸首，目的是消灭所有七圣宗的传人，以报百年前的仇怨。
“真的有哥哥的人才不会是兄控！”每天坑妹一万次的哥哥和暴走的妹妹相爱相杀，还有众好多基友加戏不断，日常小片段却会让人捧腹大笑不止。这个兄妹番才不是什么德国骨科......
“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
