世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
繁华都市的霓虹之下，暗流汹涌，异能者的出现打破了昔日的平静。有人借异能行恶，掠夺资源、肆意妄为，让都市陷入混乱与恐慌；有人隐匿于暗处，冷眼旁观，任由秩序崩塌，唯有主角，在觉醒超强异能的那一刻，便立下誓言——以异能为盾，以初心为刃，做都市秩序的唯一守护者。
程序员沉舟一觉醒来变成哈士奇，还被当成警犬送进警局。为了变回人，他绑定“警犬系统”，破一案进一步，从此踏上破案攒进度之路。深夜巷战持刀歹徒、菜市场识破盗窃惯犯、狗肉馆卧底端掉走私团伙、荒村查案揭开全员恶人真相——沉舟在装傻充愣与开挂破案间反复横跳，系统陆续解锁透视眼、狗神附体等逆天技能，搭档安夏也从怀疑变成“信舟舟，得永生”。前方奇案接踵而至，背后变人倒计时步步紧逼。当最野的狗，破最狠的案，做回人。
当发现皇帝最宠爱的妃子玉波公主怀孕时，猫猫重返玉宫，继续担任试毒师。他们整天警惕着，试图阻止针对皇后和皇帝孩子的事件再次发生。新贵妃柔然入宫，她的父亲是前任皇帝时代的一位高级藩王；一桩史无前例的悬案威胁着仁慈的生活；而嫌疑人翠玲却失踪了。就在气氛紧张之际，一支来自异国的商队，甚至还有提出无理要求的特使到来。宫殿之中，云雾开始变得更加阴暗。一个新的棘手案件等待着猫猫和仁史。这些事件最终都会发展成为涉及整个国家的大事件。
与七大不可思议中的第七号、“厕所的花子”中的花子君结下不解之缘的少女：八寻宁宁。驱魔师一族的少年：源光。两人与花子君一起，为了将发生异变的七大不可思议以及怪异的传闻恢复原状，每日奔忙不停。忽一日，花子君说道：七大不可思议中出了背叛者。宁宁等人为了找出背叛者，开始逐一摧毁七大不可思议的依附物。他们已经摧毁了第二号“岬的楼梯”以及第五号“16时的书库”，剩下包括“厕所的花子”在内的五个…而在暗中，花子君的弟弟司，召集了七峰樱、日向夏彦、以及新成为七大不可思议第三号“镜地狱”的三叶，接近了宁宁等人尚未找到的七大不可思议……
