今鸟星，以国家为单位组成的庞大星球。大国之间常因争夺领土而开战。实力强大的厉国合虚合国开始争夺领土，厉国最强组织“刺”的成员——罗格格多（男主父亲）被指认为叛国者，导致罗格自幼和母亲备受欺侮，丧失立锥之地。在和同伴的斗争中被“刺”成员百鸟凰救下，并受百鸟凰指引进入世界上最混乱，最恐怖的恶人学院，进行修习历练，同时寻找世人口中父亲叛国的真相。而在恶人学院和拥有强大战灵的对手抗争中，罗格被激发出最神秘的黑色“战灵”却无法自控，后由落日学院副院长进行压制，然而罗格对自己体内的神秘...
春日新（松冈祯丞 配音）是一名平凡的少年，某日，一场意外让他和堂妹春日圣（诹访彩花 配音）一同被卷入了通往异世界的漩涡之中，在混乱中，新和圣失散了。为了找到圣，两人一同回到原来的世界中去，新追寻着种种线索进入了王立书册学院成为了那里的一名转校生。
丁当在订婚前夕与初恋陈阿明重逢，却不料对方竟改名余坤并拥有了新身份。为治愈陈阿明因实验失败导致的人格分裂，丁当与友人暗中布局，以“糖衣”计划引导他直面过去的伤痛，从撕裂的情感与记忆中脱困。
延续前两季温暖、轻松、愉快的故事风格，本季全新加入有趣的动植物科普知识。熊熊帮帮团尝试各种办法，帮助解决小朋友们因动植物的某些特性导致的困难和烦恼，不仅带领大家认识奇特的大自然，也在探寻自然中收获了成长。
小日向光（铃木绘理 配音）是一个性格开朗大大咧咧的女孩，神经过于大条的她常常会不经大脑的干出一些让人发笑的蠢事来。大木双叶（茅野爱衣 配音）则和她恰恰相反，沉默内向胆小怕事的她常常因为这样的性格而失去交朋友的机会，但命运让这两个个性大相径庭的女孩子相遇了，她们共同加入了潜水部。虽然表面看来十分暴力但实际上也有着温柔体贴的一面的二宫爱（大西沙织 配音）、吐槽担当二宫诚（梅原裕一郎 配音）、潜水部的顾问，对潜水运动充满了热爱的火鸟真斗（伊藤静 配音），在朋友和师长的围绕下，双叶渐渐树立了自信，找到了努力奋斗的目标和方向。
