这部作品风格类似于大和古装片，背景却发生在未来的日本。在不夜城新宿，人类和妖怪和平共处。但是，曾几何时连环杀人案连续发生，而罪犯是叫廻向的神秘男人。为何曾经是街之守护使『鸦』的他会向人类复仇呢？为了阻止杀人案继续发生，新的『鸦』诞生了，青年音羽被选作新的守护使，新仇旧恨在新宿街头开始蔓延……
忍者神龟回来了！这次是以电视剧的形式。当神龟们被人类接纳，一边上高中一边继续他们的超级英雄生涯时，他们面临着同时兼顾两件事的巨大压力。除了1987年电视剧中的经典反派施莱德之外，神龟们还要与他展开战斗。
