《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
跟随会长来到境外的白武发现造假集团残党？拥有系统的竟不止他一人？回国之后意外不断，公司被查、养父母被绑、系统消失、屡次救场的神秘人，种种艰险白武该何去何从？
故事发生在上野公园内，这座表面上看起来平平无奇的公园内，其实隐藏了一个小小的正义团队“COLORS”，而团队中的成员，均为可爱活泼的小学女生。为了守护上野的和平，赶跑企图策划阴谋的坏人，三个女孩每一天都在努力着。结衣（高田忧希 配音）是COLORS的领队，拥有着凝聚人心的气场。虽然平日里是个性格十分胆小的好哭鬼，但一旦被惹怒，便会展现出非常恐怖的一面。小幸（高野麻里佳 配音）的家中经营着一间蔬果店。做事咋咋呼呼的她是身体比头脑先一步行动的类型，常常因此而惹出笑料。琴叶（日冈夏美 配音）是一个沉迷于游戏的宅女。
