新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
由于混血的外貌和金色的头发，个性其实十分善良的少年羽濑川小鹰（木村良平 配音）成为了众人孤立的对象，这让他十分的苦恼。同样的，脸色难看个性孤僻的少女三日月夜空（井上麻里奈 配音）也只能在课后和自己幻想中的朋友有说有笑。这样两个孤独的人相遇了，一个专门为了交朋友而成立的社团“邻人社”应运而生。没想到，社团一经成立，居然招来了诸多个性奇怪的美少女——喜欢玩美少女游戏的美少女柏崎星奈（伊藤加奈惠 配音），外表是妹子实则是爷们的楠辛村（山本希望 配音），超级高智商少女志熊理科（福圆美里 配音），中二病重度患者羽濑川小鸠（花泽香菜）等等。这些没有朋友的家伙们聚在一起，居然也在不知不觉中交到了许多的朋友呢。
司空震在地下城发现了机关兽并私下研究，武则天发现端倪并派上官婉儿私下调查，而尧天组织也有自己的打算……几股势力交织在一起，暗潮涌动。在最终爆发的共同危机面前，众人还是为了长安的安危，力排万难，合力解决了机关怪兽，长安城恢复了安宁。
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这里是，“人”“神”“魔”各个种族混杂在一起的神秘世界密斯塔尔希亚。快活的玛娜莉亚王国公主“安”，内向的龙族公主“格蕾尔”。自两人的相遇之后，玛娜莉亚魔法学院的生活开始了。
