舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音的超科学现象的科学杂志。工作人员只有帅哥主编兼编辑的塔罗·J·铃木。再加上小学生助手吉罗·田中和狗狗三郎。编辑部一直是空的，塔罗、吉罗和三郎都沉浸在同一栋大楼1F的咖啡馆《岩石（ROCK）》中。有一天，科学家戈洛·佐藤前来咨询，由此开始了一个异想天开的故事……。
果仁大盗袭击卡比时激起了小光内在的正义感，奈何一个小学生又怎能对抗一个身形魁梧，手上装有特制果仁枪的果仁大盗。幸好卡比在危急关头给小光一件秘密武器，电击小子诞生！
2772年，一颗来历不明的流星撞击地球，彻底改变了地球和部分居民的生活。经典动画《乐一通》人物的后代也参与其中，他们成为了拥有超能力的英雄，却依然保留着祖先古怪的性格。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
凡多姆海恩家族的宅邸内百花齐放，黑执事塞巴斯蒂安•米卡利斯（小野大辅 配音）进退有节，优雅矜持地招待来访的客人。而庄园的主人夏尔（坂本真绫 配音）则在田中（藤村俊二 配音）、梅琳（加藤英美里 配音）、菲尼（梶裕贵 配音）等仆从的环绕下度过平凡舒适的每一天。这一日，夏尔收到了维多利亚女王的来信。信中称名叫诺亚方舟的马戏团即将巡回来到他们所在的城市，而该马戏团所到之处必然会发生儿童失踪事件。作为“女王的看门狗”，夏尔责无旁贷担负起调查的重任。几经周折，夏尔和塞巴斯蒂安成功混入马戏团，他们在这里见到了各种各样生活在底层的可怜人，同时也发现了寻常难以察觉的可怕黑幕……
天生绝脉、废体少年——凌霄，一朝逆袭，修成悟道神体，为救爱人、为寻父母，为护苍生，战天斗地，打穿三千世界，使人族三界，乾坤逆转，挣脱秩序掌控者的束缚，重塑三千世界崩坏的秩序大道，再造人族无上辉煌！
