故事发生在斯雅医学院。斯雅医学院的拍摄地之一是上海同济大学嘉定校区。姜尚文从小失去父母，他怀着仇恨以优秀生身份进入到斯雅学院求学，在新生开学典礼上，姜尚文充满才情与哲理的演说，深深吸引了同学谢正已的目光。在斯雅学院，姜尚文与学院钟教授女儿钟淑琴成为情侣。毕业前夕，钟教授带领着姜尚文和女儿钟淑琴一直致力于研究的新药配方不慎泄露，钟教授提出辞呈后，自杀身亡。钟淑琴怀着她与姜尚文的孩子，离开了斯雅学院．．．
《幕后真凶》是一部以缉毒警察为题材的案件悬疑剧，剧情跨越了20多年，讲述了两代缉毒警察的故事。三十多年前，在松江土地上发生了一起生物制剂非法出境案，随着此案的发生，缉毒刑警计春生失踪，卧底警察楚江河生死不明，而作为案件核心的CH型生物试剂不翼而飞，此案成了一桩悬案。而就在二十多年后的现在，当年的缉毒支队成员高平率领着楚江河的儿子楚白以及一众干警势要查清当年的真相，化工广场大爆炸、四名被绑架的孩子、同一时间互相杀人的死者、摩天轮焚尸等一系列奇案的发生让真相逐渐浮出水面，但随着接近真相，一直藏在暗中的那双手使这桩跨越二十余年的大案更加扑朔迷离起来，随着刑警米乐儿的失踪，众人这才意识到，藏在黑暗背后的那双手，竟然是“他”！最终，这个尘封20年的大案终于侦破，而背后的真正元凶却是谁也未曾猜想到的。可无论如何，楚白完成了自己的梦想，为当年卧底的父亲正名，让父亲住进了烈士陵园，而自己，最终继承了父亲的警号。
该剧以今日上海一场无情的企业之争为背景，讲述了在上公馆这座老洋房中发生的一系列爆笑且充满悬疑的故事。赖声川介绍，在情节发展过程中，除了随时加入编排当下即时热点事件，也会将中国传统节日、节气等各种庆祝活动融入其中，全剧共100集，每集相对独立却又有主线串联，剧情中81个老物件串联的背后是一个完整的故事。
故事主要讲述了津海市国安局侦察科科长高天阳（韩庚 饰）发现境外情报组织“夜雾”开发了一款名叫“特工任务”的游戏，他们利用玩家在未知情况下暗中开展间谍活动，甚至与高天阳一起长大的弟弟黄子诚（魏大勋 饰）竟也深陷特工游戏之中。黄子诚在游戏的过程中，邂逅了搭档姚瑶（李一桐 饰），两人共同度过一段游戏之旅。正当黄子诚情愫渐生之时，意外发现自己和姚瑶的偶遇，或许并不是一场巧合······游戏的残酷性，一步步显现在众人的面前。高天阳与潜伏在特工游戏中的情报人员吴熙（周放 饰）互相配合，想要破获间谍组织的秘密。误入迷局的游戏玩家该如何脱身？国安人员又将如何逐步粉碎间谍组织的阴谋？
