性格大大咧咧，有着无论和谁都能够在短时间里熟络起来的特异功能的笨蛋少女田中望（赤崎千夏 配音）、表面上是傲娇可爱少女，实际上是一个死宅的菊池茜（户松遥 配音）、总是面无表情，没有人知道她脑袋里在想什么的鹭宫诗织（丰崎爱生 配音）、身材非常娇小，对自己的身高分外在意的百井咲久（长绳麻理亚 配音）、中二病到没救的山本美波（富田美忧 配音）、性格非常非常认真，无论什么离谱的事情都会当真的一奏（高桥李依 配音）。
特别喜欢游戏和金平糖的高中生白柳启，有一天，被一个自称是魅音的神秘女子卷入了战场。 魅音对聚集起来的人们说：“你们已经没有户籍了。” “请成为实验观测器吧。”在场的每人都被给予了特殊的能力参加各种项目。 下定决心要摧毁这一组织的启，以谁都无法预料的能力和罕见的“脑”能力为武器，新时代的头脑派能力战斗开始。
穿越了，也有了一个系统，但林锋压力山大。系统主线任务：林锋开山立派，建立史上第一大宗门，林锋本人成为第一祖师。于是为了成为史上第一祖师爷，林锋开始奋斗。少年，跟为师一起开山立派吧！
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
