邪恶头目吞天派遣手下混沌入侵地球，夺取盘古之力。地球最后的守护者——巨神守卫登场迎战却受重伤，临危之际，巨神守卫把自己的力量赋予五位面对危难依然勇于助人的少年。 混沌虽伤重败退，却在吞天的帮助下获得蛮兽卡。东山再起的混沌回到地球，通过引诱拥有负面情绪的人类，让其与蛮兽卡结合变成强大的蛮兽为己所用。虽然吞天一伙看似不可战胜，但少年们组成的巨神战击队坚信自己能挑战不可能，驾驶各具威力的机兽与邪恶力量抗争到底。
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当星辰回到她的家乡时，她发现整个王国的魔法正在消失。星辰必须深入挖掘，挑战她的宿敌鲁多，才能拯救她的家人和王国。
继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
