一场全球性地质灾难使得大陆处于割据状态，由不同的武装集团占领。大陆相对繁荣的萨科城被优人军阀攻占，萨科城北部为北域，西部为西庭，还有其周边五大城市原住民联合组织的五城联军，多方各自为政。由贺将带领的东邦小队与优人正面对抗，引起了多地势力的注意。与此同时，各地冲突不断升级，贺将被迫卷入激烈的斗争中。
“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
这是一个怪兽如日常般威胁人类的世界。日比野卡夫卡原本立志加入“日本防卫队”，却放弃梦想，在怪兽清扫公司工作。与他一同发誓“两人一起消灭所有怪兽”的发小亚白米娜已经成为第三部队队长大显身手，再加上遇到了想要加入防卫队的后辈市川莱诺，以此为契机，卡夫卡再次开始追逐梦想。
