斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
这里没有魔法，没有斗气，没有武术，却有武魂。唐门创立万年之后的斗罗大陆上，唐门式微。一代天骄横空出世，新一代史莱克七怪能否重振唐门，谱写一曲绝世唐门之歌？ 百万年魂兽，手握日月摘星辰的死灵圣法神，导致唐门衰落的全新魂导器体系。一切的神奇都将一一展现。 唐门暗器能否重振雄风，唐门能否重现辉煌？
某一天，平静祥和的南葛市迎来了一名新的成员，他叫大空翼，是一个热爱足球的小学生。身为船长的父亲常年出海，足球就是他最好的玩伴。在此他结识石崎、大姐头等真诚的玩伴，也遇到了球场上最初的对手若林源三。随着大空翼的加入，往常在球场上名不见经传的南葛小学开始崭露头角，最终得以进入全日本少年足球大赛。在这里，大空翼遇到了无数强劲的对手，三杉淳、立花兄弟、若岛津健、日向小次郎。他们不仅是技战术精湛的强悍敌手，更是大空翼日后率领日本队征战全世界时最亲密的伙伴。少年们在烈日下尽情挥洒喜悦的汗水……
小桃与厄卡伦踏入神秘温泉小镇，极具威胁的敌人即将现身……
在人类灭绝、地球处于后世界末日状态的世界里，工人机为了生存并打败“杀手无人机”之类的流氓机器人而不断努力。
故事的发生背景在未来世界的香港，一个被摩根博士制造的双胞胎实验体姐妹伊莱恩（Elaine）和戴安娜（Diana）因为一些原因而有时候变得非常的弑杀，当两个人的思想融合时，超生命形式“Genocyber”诞生了。 现在，Genocyber 与人类之间长达半个世纪的战斗开始了。
