香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。

故事主要围绕方家一家人展开，方家以参茸海味店为祖业，十多年均由长女方沛琪（汪明荃）主理，现今发展已上轨道。琪一向是方家支柱，在外坚守祖业；在内则姐兼父职，对一向醉心于演艺事业的妹方沛恩（毛舜筠）及甚受方母宠爱的弟方沛辉，均严加管教，但却关怀备至，对母曾丽卿（谭倩红）则非常孝顺；而与方父老朋友兼海味店老伙计林汉忠（胡枫），感情甚佳，忠更视琪为契女。 琪欲放下事业、家庭的包袱与拍拖多年的男友结婚，却料不到男友已另结新欢，琪悲愤之余，决定提出分手。琪情变之时，幸得一位因工作而认识的朋友方咏诗（李司棋）开解，彼此后来更成好友。此时，诗母冯贵娥（南红）由美返港，透露诗与琪其实为同父异母的姐妹，二人均感晴天霹雳。 诗与琪本性格相投，二人亦惺惺相惜，然上代错综复杂之恩怨，加上重重误会，却把二人推到互不相容的地步，在事业及感情上均有纠葛。

清康熙年间，一场‘拳倾天下’武术大赛上，代表满人的鳌飞﹝郭政鸿﹞与代表汉人的谭天﹝元华﹞势均力敌，惜天于比赛时遭人陷害而惨败，其父气愤过度吐血而死，天成众矢之的，变得懦弱悲观。为完成父之心愿，天开办武馆寻找传人，先后收京城捕快马不平﹝魏骏杰﹞及孤儿罗喜﹝唐文龙﹞为徒。两人后来更与天之妹谭雪﹝吴文忻﹞展开一段微妙的三角关系。飞一直对天有所顾忌，得知他已得传人，遂命令好友平暗杀天。平不忍下手，故意将事情张扬，引起了康熙的关注。飞见事败，对平多番加害，又揭发喜为满人之身份，使其黯然离开天。飞结识汉族女子朱震南﹝梁琤﹞，两人互生情愫，并发展一段地下情。南为飞不惜与父决裂，助其暗杀朝中敌人，惜事败被擒，飞为求自保，竟然痛下毒手....

施世纶（欧阳震华 饰）幼时曾遭遇意外，无端失踪三天后再度出现时竟对那三日的经历全部遗忘，还摔断了左手，思维也不如从前灵活。其母因此内疚不已，万事都替儿子安排妥当，待到施世纶成年时就捐了一任县令给儿子来当。在师爷的协助下，施世纶的官当得有声有色，不久又带着母亲和三位夫人到江都县任县官。一次，施世纶在荒郊野岭遭遇意外并昏迷，梦中有一个仙枕，还有一老头与施世纶争抢。这并非一般的梦，梦境亦幻亦真竟能为施世纶在现实生活中破案时指点迷津……在江都，施世纶还邂逅了蓉（郭可盈 饰），两人起初是一对冤家，却在逐渐了解的过程中互生情愫……