民衆を煽り幕府への謀反を企む怪しげな新興宗教・白蓮教を調査していた狐の集団の当主・石動律花（山本千尋）。そこで、将軍からの任務を受けて現れた風魔忍者のお喬（宮原華音）と出会う。律花とお喬たちが立ち向かうべき敵は同じ、徳川家に恨みを持ち復興を願う、服部半蔵（ケイン・コスギ）率いる伊賀忍者たちであった・・・！！BLACKFOX の世界とSHOGUN’S NINJAの世界が交わる狐の集団 VS風魔忍者 VS 伊賀忍者の忍者大戦＝NINJA WARSが幕を開ける！！

一名大人物政治家的女儿遭人杀害，遗体在河滩被发现。她的嘴被胶带缠住，身上穿着被鲜血染得通红的白色连衣裙——这种惨烈的作案手法，与三年前“本应已经死去”的连环杀人犯马饲野隆一极为相似。
　　鉴识课的中津川毅等人对现场采集到的嫌疑人毛发进行鉴定后，结果显示与三年前采集到的马饲野的毛发一致。负责指挥搜查本部的管理官国领克俊据此断定是马饲野所为，并宣布要“召回”某个男人。
　　所谓“某个男人”，正是三年前事件中唯一与马饲野接触过的刑警——郡司孝介（织田裕二 饰）。他曾被称为“搜查一课的王牌”，破案数量遥遥领先，惹出的问题也同样数不胜数。然而，他在与马饲野接触的现场遭到刺伤，之后被调往辖区的生活安全课，如今不得不过着轮椅生活。
　　虽然这是为了国领的升迁，但搜查一课系长富县纱荣子坚决反对召回郡司。即便郡司来到搜查一课，她也对他态度冷淡，但郡司并不在意。为了让坐轮椅的郡司也能前往案发现场，国领打算给他安排一名协助人员。郡司则提出，希望由自己在街上偶然遇到的搜查二课财务搜查官阿久都华瑠（小野花梨 饰）担任自己的支援搭档。
　　然而，国领拒绝了这一提议。事实上，华瑠患有自闭症谱系障碍，他判断她很难应对既定日程之外的事情。但郡司看出了华瑠的能力与洞察力，仍不愿放弃，并对她说道：
　　“你不是因为想在自己能做的工作里，选择最能帮助别人的事情，才成为警察的吗？”
　　“如果你总是把房间的门打开，是因为内心想与外界保持联系的话，那就和我一起查案吧。”
　　郡司的这番话打动了华瑠，她终于决定与郡司一起展开调查！
　　郡司和华瑠随即开始调查被害者结衣的房间，并在书架后面发现了藏起来的华丽服装和假发。如果结衣还有不为人知的另一面，那么她或许并不符合马饲野一贯只挑选清纯女性作为目标的偏好。就在这样的疑问浮现时，华瑠注意到，捆绑被害者的绳结是由右撇子打出来的。而马饲野是左撇子，这就产生了矛盾。进一步调查还发现，案发现场留下的塑料瓶上的指纹也被不自然地擦拭过。然而，以纱荣子为首的搜查一课刑警们却不愿正视这些矛盾……？
　　就在这时，又出现了新的被害者！这一次的案件中，也能看到与马饲野作案倾向相矛盾的地方。众人围绕“究竟是马饲野所为”，还是“模仿犯作案”产生分歧，而郡司与华瑠则逐渐接近了一个令人震惊的真相……！？

在绿意盎然的森林深处，有一家名为“带刀烟火店”的烟花工厂，因小镇重新开发，该工厂被迫面临拆迁，带刀敬太郎已经在这里坚持了四年，代替失踪的父亲，专注于制作被称为“幻之烟花”的＜守破离＞，希望将其完成

绰号“不死身杉元”的前军人杉元佐一，得知阿伊努族被窃走巨额金块的线索——神秘男子野篦坊在被捕前，将藏金地点拆解后刻在了多名囚犯的身上。阿席莉帕从奇罗蓝克口中得知，窃取金块的人或许是自己已故的父亲阿卡。为探寻父亲的真实身份，追寻黄金的下落，阿席莉帕与杉元佐一共同前往关押野篦坊的网走监狱。鹤见笃四郎率领的第七师团、土方岁三带领的旧幕府残党，也同时将目标锁定这座监狱。在关押着七百重刑犯的森严监狱中，三方势力齐聚，一场围绕黄金与真相的混战就此拉开序幕。

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