十年前，世界因为谜之大破坏现象而开始毁灭，与此同时出现了被称为“Order”的能力者们，他们是将自身的“愿望”转化为“能力”的人。而男主角“星宫エイジ”也是能力者之一，而他在十年前许下的愿望，正是“世界的灭亡”！？这是——由世界灭亡开始的故事。

转学到远处高中的金泽伸明，由于在之前的学校经历过的某件事，而对于与同班同学亲密相处感到恐惧，封锁了自己的内心，但他以体育祭上的班级对抗接力赛为契机，开始和同学们变得融洽起来。此时，同班同学全员的手机收到了一封自称为“国王”之人所发送的邮件。同班同学们认为这只是单纯的恶作剧而并没当回事，但只有伸明知道此事的含义，并对于要面对即将开始的“死亡”游戏感到内心纠葛……

击败四大圣兽“灵龟”的盾之勇者岩谷尚文，击败了灵龟在异世界复活的罪魁祸首京，

故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中

圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。

青山君（置鲇龙太郎 配音）是富士美高中足球部的种子选手。身为前锋的他，拥有着极强的体力和爆发力，传说中，只要有他加入的球队，总会在比赛中得到最后的胜利。可是，虽然青山君十分擅长足球这项崇尚身体碰撞，尽情挥洒汗水的运动，但他本身却是一个有着极度洁癖，异常厌恶身体接触的人，甚至在竞争激烈的赛场上，青山君也要带上橡胶手套。和青山君一起拼搏的，有身材壮硕个性傲娇外冷内热的财前勋（关智一 配音）、头脑冷静擅长理性分析，仿佛军师一般存在的坂井一马（保志总一朗 配音）、拥有着使用屁股顶球的特技的冢本仁（阪口大助 配音）。

故事发生在一个小镇上，冈崎朋也（中村悠一 配音）是光坂高中在校生，因为家庭原因他一直过着浑浑噩噩的生活。他不参加任何社团活动，唯一的朋友是春原阳平（阪口大助 配音）。

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从教会都市出发的商人罗伦斯与贤狼赫罗，为了收集赫罗的故乡约伊兹的情报，而来到了冬季有着大祭典的热闹城市库梅尔森。在这里两人与鱼商人阿玛蒂邂逅了，而且阿玛蒂对赫罗一见钟情，并迅速开始对她展开追求攻势。另一方面，罗伦斯却和赫罗之间的微妙感情却因此加深了误解。然后，罗伦斯和阿玛蒂又因为各自的生意被卷入了大骚动中。

热爱自由的高中生·纳村不道转学到了爱地共生学园，其校中正实行由武装起来的女生们对男生的冷血支配。纳村刚一转学，就被统率学园的天下五剑之一、使用鹿岛神传直心影流的「鬼瓦轮」盯上，并作为肃清对象被卷入了对决之中…