身怀灵气转化天赋的沈甜，同伙伴深入幻雾沼泽寻灵物，遭遇可幻化人形的守护生灵，对方复刻她的容貌制造迷局。众人依靠专属回忆戳破幻境，辗转多地集齐五样灵物，一路受万千异兽帮扶。殊不知暗处敌人早已布下连环圈套，无数真假难辨的幻象与凶险考验，正等候他们踏入。
这个世界上存在着异形之物，其姿态千变万化，即为“妖梦”，以除去妖梦为业的，即为异界士。本作主人公神原秋人（KENN 配音），看起来是个普通的高二男生，实际上是由人类和妖梦结合而诞生的“半妖”。拥有不死之身的他，于某个黄昏，在校园天台遇见一名想要跳楼的少女栗山未来（种田梨纱 配音），出乎意料的是，少女居然对他发起了攻击。原来，看起来是个普通新生的眼镜美少女，竟是一名能够操纵血的异界士。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
二十年前，世界各地突然出现了为数众多的“灵墟大门”，从中喷涌而出的灵气会让接触到的人觉醒异能。这些觉醒了异能的人，被称之为“灵武者”。与这其中，“空间系”灵武者因为在“兽潮劫难”的突出表现以及其觉醒人数的稀少，成为了最强的代名词。江南在灵州江城的孤儿院长大，从小立志成为最顶级的灵武者，十六岁的他觉醒了最强且最稀有的空间系异能，成为灵洲第二个空间系异能者。本作品的故事就从这里开始……
魔族最强魔尊的无用，因为身上的一半人族血脉遭到背叛暗算，神识与天道互相感应，得到外挂“太初神魂”。 一路杀妖诛魔，一统五族，向上位仙族发起逆天之战，创造第七种族“神族”。我即六界主宰，我即神天至尊！
