故事主要讲述了在古老而遥远的泛古大陆，人类与恐龙和谐共处。但随着大陆的守护神----“龙神”的力量减弱，以瑞鹰为首的邪恶势力打破了和平。龙神为了拯救泛古大陆，将自己的力量封存在四块龙晶体，传说谁得到这四块龙晶体，就能得到无尚的力量，统治整个泛古大陆。而地球少年龙翔担起了重新恢复泛古大陆和平的重任。正反双方的龙晶体争夺战一触即发……
时空之隙开启，书院众人来到了现代课堂，新课堂新老师新朋友，可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？航天知识的小剧场即将开讲啦！敲黑板！记得认真听课，科学小记者们还有很多小知识要传授给大家哦！！
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”——一方通行，扫平学园都市的“黑暗”!
小春野白绢、凤薇薇安、诸星つぽみ虽然年龄不大，却拥有神奇的变身能力，可以变身为普通人20倍大的巨大战士，为保护东京与疯狂的怪兽们展开战斗。她们每次变身的时间只有3分钟，但就是在这短短的３分钟内，她们往往可以轻易的击败对手，及时制止罪案的发生……
