《康熙微服私访记2》沿袭该剧借古讽今、针贬时弊的新派古装轻喜剧作品风格，分为“馒头记”、“桂圆记”和“霞帔记”三个单元故事组成。“馒头记”里讲述康熙五十年，康熙（张国立饰）正值微服私访时居然被当地豪强骗进金矿做苦工；“桂圆记”发生在康熙五十一年，康熙抱病，宜妃（邓婕饰）让三德子（吴军饰）请太医为其诊治，病情反而加重。原来都是假药作祟，康熙愈后出宫，严惩不法之徒；“霞帔记”里讲述康熙五十二年，康熙大义灭亲，整治裙带关系。
一家人到重庆旅游回来后，赵亚平为了赵奕欢的学习和生活举家从南京搬到了盐城，但是一大家子搬到盐城以后却出现了各种不适应。王晓娟的前夫贾有财不请自来，还把继子游小毛留在了家里。游小毛虽然调皮捣蛋，但他小发明也让人另眼相看，逐渐得到大家的认可。这时贾有财的债主找上门，游小毛带领小朋友们沉着应对，打败了债主，自己也终于和父母团圆了。
这一季中，主修心理学的大学教授Eli（杰米·肯尼迪 Jamie Kennedy 饰）在遭遇一次火灾意外死后复生，竟然成为了能听见亡魂说话的倾听者。在话唠加神经质的Rick去了远方以后，他就成了Melinda（詹妮弗·洛芙·休伊特 Jennifer Love Hewitt 饰）的新助手，一直协助她完成逝者身前的遗愿。Melinda和丈夫Jim（大卫·康拉德 David Conrad 饰）一直努力想生个宝宝，但始终未能如愿。一次在Melinda帮助鬼魂时发生了意外，为救妻子Jim中枪身亡，也变成了游荡的鬼魂。在一次交通事故现场，Jim附身在一个刚死去的人Sam身上复活了，但却失去自己的记忆。
妹妹露西因白血病去世后，格蕾塔偶然发现了露西生前制作的一款名为“El mapa de los anhelos”（心灵地图）的游戏。在这段旅程中，她遇到了威尔，并逐渐学会了如何走出悲伤，找到了自我。
该剧讲述了一起发生在南方四线小城海舟市的连环凶案，在真相尘封了十七年之后，与这宗悬案有着千丝万缕的联系的人们，在各自不可告人的秘密中，一起等待真相浮出水面……
