《康熙微服私访记2》沿袭该剧借古讽今、针贬时弊的新派古装轻喜剧作品风格，分为“馒头记”、“桂圆记”和“霞帔记”三个单元故事组成。“馒头记”里讲述康熙五十年，康熙（张国立饰）正值微服私访时居然被当地豪强骗进金矿做苦工；“桂圆记”发生在康熙五十一年，康熙抱病，宜妃（邓婕饰）让三德子（吴军饰）请太医为其诊治，病情反而加重。原来都是假药作祟，康熙愈后出宫，严惩不法之徒；“霞帔记”里讲述康熙五十二年，康熙大义灭亲，整治裙带关系。
无论遇到什么疑难杂症、什么艰难险阻，堂上综合医院的外科医生相良浩介（泽村一树 饰）及其团队都迎难而上，永不言败，想方设法解脱患者的痛苦。与之相对，自从森山卓（高岛政伸 饰）执掌院长大印以来，堂上医院的上空就笼罩着挥之不去的阴云。他为自己改革所取得的“成就”沾沾自喜，为接二连三成功打压相良而得意万分，却罔顾医院不断下滑的口碑和效益。休假归来的前院长（野际阳子 饰）发现堂上医院当前的现状，强势插手改革，谁知反遭森山的强烈反对。
每个人都被邀请参加这场性别揭晓派对，但是准妈妈莉安娜的惊喜却超乎所有来宾的想象。一个母亲能保守多少秘密？
阿莱克斯含冤入狱，18 年后被释放。出狱后，他一心想要向罗道夫·拉兹卡诺复仇，正是此人惹出的命案导致他被冤判。然而，阿莱克斯对拉兹卡诺家的小女儿爱丽莎产生了感情，事情变得复杂起来。他发现罗道夫是清白的，而另一个巧妙地隐藏在暗处的人才是让他蒙冤的元凶。
杨秋池呈报建文余党在苗疆一案，皇上龙颜大悦，特委杨秋池重任，名则下旨令其前往苗疆为官，实则暗中追寻建文余党的踪迹，以彻底铲除建文余孽。最终在苗疆人民群众的帮助下，发现建文余党的老巢，成功抓获建文帝之子朱文奎，破灭了建文余党的复国计划。
