1937年，日本帝国主义的铁蹄蹂躏中原，巍巍古都南京沦陷，数万军民被丧失人性的侵略者残忍杀害。尸横遍野，血流成河，当年繁华的南京城已经成为令人不忍卒睹的人间地狱。侵略者无视国际条约，对西方国家划定的安全区也垂涎三尺。在市中央，置身于炮火硝烟之中的圣马德伦教堂巍峨耸立，竭尽全力庇护来此避难的人们。神父不愿离去，法比（张嘉译 饰）硬撑着留下来陪伴。生活在最底层的玉墨（宋佳 饰）、春池（高叶 饰）、豆蔻（张可佳 饰）等人辗转来到教堂，可即便落难如斯仍不免遭受其他同胞的蔑视和嘲讽。
二十世纪初的中国，民生凋敝。作为没落贵族的金玉蓉立志成为一名救人济世的医生，用自己的双手去帮助更多的人。她遇到了同样心怀苍生的大家族之子赵正南。两人从相识、相知再到相爱。他们也努力地探索着让这个世界变得更好的方式。历经种种磨难，玉蓉终于成为了悬壶救世的医生，赵正南也成为了拥有进步思想，守护一方的军人。但时代的洪流让她们不得不分离，两人最终天各一方。正在玉蓉感到人生幻灭，陷入低谷时，共产主义信仰照进了她的世界，玉蓉渐渐涅槃重生，全身心投入到革命事业中，成为革命的隐形守护者。历经种种险阻后，这对有情人终成眷属。在玉蓉的感召下，赵正南也最终成为红色浪潮的一份子，携手抗日，共同拥抱崭新的中国。
