突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
东方桃子本是一名普通女孩，某天发现书包里多了一本花语笔记，桃子好奇地打开笔记，一位风铃草精灵突然从笔记中出现，还告诉她外婆出事了！桃子匆匆赶到院子，发现她的外婆正被一只黑色小猪袭击，昏睡不醒。为了拯救外婆，桃子在风铃草精灵的指引下，前往一间神奇的花店。
来吧，勇士们，在这里竞争吧、战斗吧！用你们的勇气和智慧取悦神明、赢得一切吧！这，就是『凹凸大赛』！这就是『凹凸世界』。
外星人记者伊克斯比、皮克斯比和克罗来到一个可爱但奇怪的星球——地球，在那里他们试图了解人类和他们的爱好。
