突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
在与世界隔绝的博尼湾岛上，天才少女小珍与她的冒险家爷爷和一群恐龙们一起和睦的生活在这里，建造了最尖端的城市“恐龙小镇”。可是在恐龙小镇上其实还生活着另一个人，那就是坏蛋科学家阿麦。他为了捉到恐
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魔王终于被勇者打倒，世界恢复了从前的宁静，这样宁静的日子，一过就是15年。这一天，一位名叫风色琴音（井上穗乃花 配音）的女孩孤身一人来到上京，她的目的地，是一间名叫RPG的不动产中介，她要在这里工作。性格天真烂漫，能够和亚人交流的弗雅（木野日菜 配音）、以成为神官为梦想而努力着的，表面看起来有些严厉，实际上内心非常可爱的露芙莉娅（川井田夏海 配音）、身为战士时所向披靡，可在不动产的工作能力却堪忧的拉琪拉（石见舞菜香 配音），等待着琴音到来的，是这些可靠又古灵精怪的前辈们。
三尊苏醒，孙悟空助天神度过危机。西行小队离散后，沙悟净下阴界救师父;八戒在黑水镇因过失而害死人;白狼小羽在恐怖森林收服一虎，又在古城被石兵围困，三藏等人归来解围，却又遇上暗影天王，悟空归队助战。三藏化解亡魂怨恨，西队亦告别故人，继续上路。
