公元1093年，大理国公主段芯瑶（乔诗语 饰）的寝殿凤玥阁发生了一场无名大火。芯瑶因私自外出而幸免于难，然而她的哥哥太子却在火海中牺牲。此事使得当时的大理皇室陷入悲痛之中，朝堂上下情绪紧张。芯瑶的母亲蓉妃推测，这场大火可能是有意引发的，而目标恐怕就是芯瑶本人。为了保护她的安全，蓉妃命令军师高升维和侍女喜儿秘密将芯瑶护送出宫，前往中原寻求她的娘家庇护。她们三人接到命令，未经允许不能返回宫廷。
《幕后真凶》是一部以缉毒警察为题材的案件悬疑剧，剧情跨越了20多年，讲述了两代缉毒警察的故事。三十多年前，在松江土地上发生了一起生物制剂非法出境案，随着此案的发生，缉毒刑警计春生失踪，卧底警察楚江河生死不明，而作为案件核心的CH型生物试剂不翼而飞，此案成了一桩悬案。而就在二十多年后的现在，当年的缉毒支队成员高平率领着楚江河的儿子楚白以及一众干警势要查清当年的真相，化工广场大爆炸、四名被绑架的孩子、同一时间互相杀人的死者、摩天轮焚尸等一系列奇案的发生让真相逐渐浮出水面，但随着接近真相，一直藏在暗中的那双手使这桩跨越二十余年的大案更加扑朔迷离起来，随着刑警米乐儿的失踪，众人这才意识到，藏在黑暗背后的那双手，竟然是“他”！最终，这个尘封20年的大案终于侦破，而背后的真正元凶却是谁也未曾猜想到的。可无论如何，楚白完成了自己的梦想，为当年卧底的父亲正名，让父亲住进了烈士陵园，而自己，最终继承了父亲的警号。
阿莱克斯含冤入狱，18 年后被释放。出狱后，他一心想要向罗道夫·拉兹卡诺复仇，正是此人惹出的命案导致他被冤判。然而，阿莱克斯对拉兹卡诺家的小女儿爱丽莎产生了感情，事情变得复杂起来。他发现罗道夫是清白的，而另一个巧妙地隐藏在暗处的人才是让他蒙冤的元凶。
