2014年6月底，在《希德尼娅的骑士》一期动画最终话的片尾公布了二期动画《希德尼娅的骑士：第九行星战役》制作决定，并将在11月举办二期动画第一、二话的先行上映会，上映会门票将在动画第一、二卷中限量附赠。此外，原作中的重要角色“白羽衣紬”也将在第二期动画中登场；而原作者贰瓶勉的早期作品《BLAME！》亦会在第二期动画中以剧中剧的形式动画化。

　早在远古时代，人类祖先刚出现于地球上没多久，坎贝尔星人奥蕾阿娜和大将军加鲁达便率军来到地球，正当他们准备支配控制地球之际，漫长的冰河时期来临了，他们只得潜入地下静候时机。时间一转眼过去了三千多年，地球科学家南原猛博士在调查世界各地古代遗迹的过程中意外的发现了坎贝尔星人的足迹，并得知了他们妄图侵占地球的阴谋；为了应对随时可能到来的危机，他在国联协助创建的南原研究所中设计制造了超电磁机器人孔巴特拉V，挑选了五位青少年成为其驾驶员：自幼丧失双亲，在孤儿院“太阳学园”长大的暴走族——狂热机车爱好者葵豹马、奥运会射击鬼才浪花十三、九州阿苏地区出身的巨汉——柔道高手西川大作、自己的孙女南原千鹤以及IQ高达200以上的9岁天才小学生北小介；终于苏醒的奥蕾阿娜再次命加鲁达展开了对地球的侵攻行动，孔巴特拉V与坎贝尔星人奴隶兽、熔岩兽漫长而艰苦卓绝的死斗开始了……

故事的发生背景在未来世界的香港，一个被摩根博士制造的双胞胎实验体姐妹伊莱恩（Elaine）和戴安娜（Diana）因为一些原因而有时候变得非常的弑杀，当两个人的思想融合时，超生命形式“Genocyber”诞生了。 现在，Genocyber 与人类之间长达半个世纪的战斗开始了。

北川市郊外的湖内突然出现了恐龙。于是奥特警备队将恐龙冷冻，请环境生态学的户根崎教授进行调查。在夜间恐龙突然消失。同时户根崎教授面前出现了一对神秘男女，自称是他们让恐龙复活的。他们发明了理想的未来城市「生态都市」。对地球环境恶化感到焦虑的户根崎教授为了实现理想而协力，不过这却是梅特龙星人的可怕陷阱。

U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。

“我是想要让我成为同伴之人的同伴。仅此而已！”失去了过去的记忆，平稳地生活着的高中生·黑井宗矢。某天，他的城市突然遭到神秘的巨大兵器“星云兵器”的袭击。宗矢与长得像猫的“老师”和哥特萝莉银子一起被卷入战斗当中，但——没想到对手竟然是保护城市的7位英雄！隐藏在宗矢记忆中的战斗理由究竟是？

SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。

凯·渚，一个普通的高中女生，梦想着有一天成为职业摔跤手。突然，一个名叫伊克塞尔的机器人找到了她。伊克塞尔催促她帮助拯救地球，抵御被称为“盖亚斯”（Geas）的外星人入侵。以卡奥斯（Chaos）和克罗斯（Cross）为首的“盖亚斯”一心想掠夺地球的资源，最终将其摧毁。为了对抗入侵者，渚必须与伊克塞尔合体，成为一名身着战斗服的战士，名为“伊克塞尔狮”（Iczelion）。她不愿接受这项突如其来的不可思议的任务，不愿与其他地球上的伊克塞尔狮一起战斗，因为渚只想过着普通的生活，不想承担如此重大的责任。渚必须克服恐惧，与其他伊克塞尔狮并肩作战，阻止外星入侵势力摧毁他们的家园地球。

岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，一周后，玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。

在牧野间长大的本须和秀树（杉田智和 配音）因不甘心投报东京的大学失败，毅然决定来东京上补习学校。在东京街头，秀树发现街上随处可见人形电脑，在这个时代无比流行。他们有着和人别无二致的漂亮模样，连皮肤的触觉都很柔软。