原田巧（内山昂辉 配音）似乎生来就要成为一名投手，在棒球运动上有着极大天赋的他一路走来收获了无数的赞美和荣誉。升入初中后，巧来到了风景秀丽民风淳朴的新田市，在那里，他即将开始初中生活。一次偶然中，一个名为永仓豪（畠中祐 配音）的男生，竟然接住了巧拼尽全力投出的球。两人的相遇让命运的齿轮开始了转动。
　　巧和豪双双加入了新田东中学棒球部，在那里认识了许多志同道合的朋友们——沉默寡言的队长海音寺一希（梅原裕一郎 配音）、温柔体贴的泽口文人（村濑步 配音）、自信满满的吉贞伸弘（齐藤壮马 配音）、不苟言笑的展西咏司（森岛秀太 配音）。

在遥远的神话时代，人类私欲膨胀，相互残杀，人世间血雨腥风，哀鸿遍野。人类仇恨的力量创造了妖邪界及其魔王霸主阿罗醐，阿罗醐的出现是人类的命运更加黯淡无光。这时，身穿金色铠甲的勇士迦雄须出现，打败了阿罗醐，还世界以光明。然阿罗醐虽死，其聚集了邪念铠甲却还留存世间。为了抑制住邪恶的力量，迦雄须用“仁、义、礼、智、信、忠、孝、悌、忍”九种人类精神将其封印。

以不列颠的统治为目标，为了确定王而准备的选定之剑。拔出此剑之人将被称作“亚瑟”，并获得强大的力量。 但，拔出Excalibur的不止一人。随着力量的大量产生，传说发生泛滥，并引发历史的歪曲。

2013年，瑞士的原子核研究机构“CERN”——在希格斯玻色子这一发现的暗影之下，某个秘密计划启动了。这一计划的名称是“Niantic计划”。其目的是研究干涉人类精神的未知物质。被称为“奇异物质（XM）”的这种物质，自古以来就感应着人们的精神及能力，甚至给人类的历史带来了极大的影响。世界各国的机关暗中进行着这项研究。XM被视为人类的希望或是威胁，大国及巨大企业为此而爆发了争夺战。接受XM的力量，并准备将其利用于人类进化的“启蒙军”。将XM视为威胁，并准备控制它的“反抗军”。世界划分为这两大阵营，至今仍在持续着争斗。在这个世界发生的争斗背后，正是XM的存在。之后，2018年——。以东京和世界为舞台，围绕着XM的新战斗开幕。将动画、在线位置信息游戏以及现实连结起来，从未体验过的全新“增强现实娱乐”开始了。

大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。

四位剑士，他们的前任主人是魔王织田信长。他们在本能寺之变中展开战斗，织田信长在此被暗杀。尽管存在冲突，他们所保护的历史是什么？这就是历史的开端的故事。