随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
住在青森的泽村雪从小听着外公松吾郎的津轻三味线长大，自己也弹得一手好琴，不过，却被外公说那只是在模仿他。
首次与友哈巴赫率领的星十字骑士团交锋后，尸魂界伤亡惨重，黑崎一护在零番队的帮助下前往灵王宫并最终炼出属于自己的斩魄刀“斩月”。与此同时，为了提升实力，其余“死神”也在瀞灵廷进行着自己的修炼，然而第二次交锋很快来袭，为了守护同伴和正义，护廷十三队热血迎战！
