随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
小春野白绢、凤薇薇安、诸星つぽみ虽然年龄不大，却拥有神奇的变身能力，可以变身为普通人20倍大的巨大战士，为保护东京与疯狂的怪兽们展开战斗。她们每次变身的时间只有3分钟，但就是在这短短的３分钟内，她们往往可以轻易的击败对手，及时制止罪案的发生……
游戏手残少女莫小西，在帮助室友攻略《深宫赋》游戏时，意外进入游戏世界，成为朝大将...
三尊苏醒，孙悟空助天神度过危机。西行小队离散后，沙悟净下阴界救师父;八戒在黑水镇因过失而害死人;白狼小羽在恐怖森林收服一虎，又在古城被石兵围困，三藏等人归来解围，却又遇上暗影天王，悟空归队助战。三藏化解亡魂怨恨，西队亦告别故人，继续上路。
