随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
吉迪恩（铃木崚汰 配音）因为跟不上大部队战斗的节奏，而遭到了贤者阿雷斯（八代拓 配音）的驱逐，阿雷斯和队友们谎称吉迪恩是自己离开的。离开之后，吉迪恩以雷德之名开了一家药店，自己兼顾采药和卖药，这样安稳的生活对于他来说，似乎也是一种不错的选择。一天，雷德的老相识莉特（高尾奏音 配音）突然拜访了雷德的药店，原来，她从种种渠道得知，雷德正是当年失踪的吉迪恩。慢慢的，莉特留在了药店里，一边帮忙工作，一边展开了和雷德的同居生活。之后，雷德的妹妹露缇（大空直美 配音）、雷德曾经的战友亚兰德拉拉（雨宫天 配音）也纷纷出现在了雷德的身边。
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故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
在进行机甲武斗大会的冠军战时，布莱札德突然来袭，十年前他们也曾侵袭而来，但不知为何他们这次就很干脆地撤退了。然后这样过了好几个月的某日，在创世纪特区的里昂一行人正要接受训练时，天空突然出现异常现象，竟然出现了镜像世界的里昂他们，这到底是怎么一回事呢？
司邈为了高达10亿元的奖金参加某款游戏，开始缉凶之旅，但是很快她就发现环绕在她身边的另五名男性玩家似乎都在有意无意地撩她？寡言温柔的阔少总是能在她最需要帮助的时候伸出援手，脾气火爆的赛车手一言不合就壁咚打直球，乖巧可爱的小艺人则喜欢跟在她身后喊姐姐，至于看似风度翩翩的医生先生和偏执病娇的拳手帅哥，司邈保证，这两人绝对是十足十的疯批。一边是错综复杂的案件和穷凶极恶的罪犯，另一边是纠缠不休、各种花式表白的五个帅哥。司邈有时候甚至觉得跟罪犯斗智斗勇都没有应付那五个争风吃醋的男人要累。
