随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
在某个平凡的夏日，东京遭到了炸弹恐怖袭击。导致日本从平稳的睡梦中惊醒的犯人，仅仅是两个少年。自称为“斯芬克斯”的犯人们，将把全日本卷入一场壮大的游戏。
当世人还在为觉醒普通灵技欣喜若狂时，主角在灵御学院的觉醒仪式上，直接解锁满级神级天赋。 别人苦修数年、艰难进阶，他只需心念一动，便能轻松掌握禁忌灵术、碾压同代天骄。学院试炼、宗门对决、异族入侵、秘境探险…… 无论何种战场，他都是无可争议的绝对中心。 从初入学院的无名之辈，到横推一切对手的至强存在，他以满级实力一路横扫，打破规则，登顶巅峰，
