人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
心怀对同伴的思念，向自己所相信的道路前进！经历了与黑暗公会“冥府之门”的激斗，以及与养育之亲“火龙伊格尼尔”的悲哀离别，纳兹为了变得更强而与伙伴哈比一同踏上修行之旅。另一方面，“妖精的尾巴”会长马卡洛夫突然下达了公会解散命令，自己也隐藏了行踪。此后约1年，露西一边做着见习记者的工作，一边收集着散落大陆各处的旧时同伴的情报。之后，在一年一度的“大魔斗演武”进行取材的某天，结束了修行的纳兹出现在露西面前！宣告魔导士公会“妖精的尾巴”的复活，怀着同样的信念，纳兹、露西、哈比的寻找同伴之旅开始了！！
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2058年，人们安居乐业，科技高度发展，脑机系统（人脑与计算机互联）早已走入人们的生活。在白洋市一家叫做“绿洲”的脑机系统科技公司，在不断深入研究人脑世界（脑宇宙）时，发现了一种奇怪的症状，他们称之为“蜂群症”。为了遏制“蜂群症”的蔓延，众多平凡英雄前仆后继，一段波澜壮阔的故事就此拉开帷幕。
